Szacuje się, że na ich terenie rośnie 1,7 tysiąca gatunków roślin rodzimych oraz trwale zadomowionych, co stanowi około 75 proc. całej flory krajowej. Szczególnie cenne z przyrodniczego punktu widzenia również karpackie endomity, czyli gatunki występujące jedynie na określonym terenie, np. tojad mocny morawski czy urdzik karpacki, oraz subendemity, np. żywokost sercowaty.
O wyjątkowości karpackiej przyrody najlepiej świadczy fakt, że znajduje się tam 6 parków narodowych, w tym 3 o randze rezerwatów biosfery UNESCO, 135 rezerwatów przyrody, 83 obszary siedliskowe oraz 11 obszarów ptasich Natura 2000. Ochroną objęta jest połowa powierzchni polskich Karpat.